Sim. Para dar uma baixa parcial, siga os seguintes passos:

1 - entre no lançamento desejado;

2 - clique em Baixa Parcial, como mostrado abaixo:

3 - coloque o valor, a data que foi pago/recebido e a conta corrente:

4 - uma vez feito, você verá que o lançamento foi duplicado e o valor atualizado com o restante. No quadro dos Lançamentos parciais estará listando as baixas já feitas. Note que o código do lançamento será o mesmo para todas as baixas parciais e não há atualização automática caso altere uma baixa parcial já feita.