No caso de um aluno que não frequenta mais a sua escola, você deverá INATIVAR o mesmo no cadastro dele, no menu ALUNOS como destacado abaixo:

Uma vez feito, os contratos com ele serão cancelados e será retirado das grades de aulas onde ele constar. Se o mesmo tiver cobranças em atraso, estas permanecem até serem resolvidas! O que foi realizado permanece, como pagamentos, presenças, etc.