Se você tiver o módulo Financeiro contratado, terá três locais onde você pode dar baixa na mensalidade.

• Na aba A RECEBER na tela dos Lançamentos, selecione a linha da mensalidade no checkbox no início da linha que deseje dar baixa e clique no botão RECEBER, como mostro abaixo:

• Na tela das Cobranças no menu Mensalidades, na aba EM ABERTO, selecione a linha da mensalidade no checkbox no início da linha que deseje dar baixa e clique no botão RECEBER:

• Diretamente no Contrato do Aluno, na aba Cobranças você clica na flecha verde ao final da linha da mensalidade que quer baixar, como mostro abaixo:
  

Caso você tenha o módulo FINANCEIRO contratado, ao quitas a mensalidade tanto nas Cobranças como diretamente no Contrato, será automaticamente lançado os valores a receber como quitados.