Pode. No menu CADASTROS > MINHAS EMPRESAS, você poderá cadastrar diversas empresas e no seu AVATAR > OPÇÕES DO SISTEMA definir uma como padrão. Quando for adicionada FINANÇAS DO PROJETO, o sistema criará este Lançamento relacionado à empresa que foi escolhida na criação do Projeto. Quando for feito um ORÇAMENTO DE SERVIÇOS, você pode escolher por qual empresa irá faturar, independente da Empresa relacionadas ao PROJETO. No FINANCEIRO você ainda poderá estabelecer ao editar um lançamento a qual empresa pertence.

Claro que nas listas dos projetos e mesmo no financeiro estarão listados todos os itens, independente da empresa que gerou. Nos LANÇAMENTOS, para filtrar, deverá sempre ser usada a pesquisa.